Proteine

© Urs Leisinger 2017



Molekularium

SwissEduc Molecular Modelling


Sehprozess und Rhodopsin

Sehprozess und Rhodopsin

Für alle Funktionen müssen zuerst die Dateien geladen werden
Die Abbildung zeigt Rhodopsin in verschiedenen Zuständen (dunkeladaptiert, nach Absorption eines Photons und als Opsin nach Abspaltung des Retinals) und in verschiedenen Darstellungsweisen. Im Kalottenmodell wurden einige Aminosäuren entfernt, damit das Retinal sichtbar wird, welches sich im Inneren des Proteins befindet.

Rhodopsin Backbone Kalotten Ball&stick
dunkeladaptiert
nach Absorption
Opsin

Backbone aus ein
Zoom out in
Retinal cpk reset



Animation Absorption und Konformationsänderung

Quelle

Bakteriorhodipsin

Bakteriorhodopsin

Bakterien verwenden Bakteriorhodopsin (Bacteriorhodopsin), um H+ durch die Membran zu pumpen.




Durch die Verformung des Retinals ändert sich die Ausrichtung des N-Atoms, mit dem das Retinal mit dem Protein verknüpft ist. Zudem verschieben sich verschiedene Aminosäuren, die am H+-Transfer beteiligt sind. Besonders stark bewegt sich Arginin 82 unten im Kanal. Es wird erforscht, wie diese Veränderung der Form dazu führt, dass H+ von unten nach oben transportiert werden, mitten durch das Bakterienrhodopsin und dadurch durch die Archeobakterien-Membran.

Quelle und weitere Infos

G-Protein

G-Protein

Die Lipide, welche das G-Protein in der Membran verankern, sind nicht zu sehen, da sie entfernt wurden, um die Kristallisation des G-Proteins zu ermölichen.

G-Protein 1got
G-Protein 1got mit Myristatbc
Quelle

Kinase CDK2

CDK2-Kinase

Übertragung des H+:Asp 127

Positionierung der γ-Phosphat-Gruppe des ATP: Mg2+ sowie
Thr 14, Tyr 15, Lys 129, Asn 132

CDK2 Kinase Modell 3QHR laden
CDK2 Kinase Modell 3QHW laden

γ-Phosphat-Gruppe des ATP bzw. ihr Imitat (mimic) [MgF3]:


Pepsin

Pepsin

Pepsin 1psn
Pepsin 1qrp (mit Phosphonat-Inhibitor IVA-VAL-VAL-LEU(P)-(O)PHE-ALA-ALA-OME)
Pepsin 1pso (mit Pepstatin)
Pepsin mit hypothetischem Übergangszustand und zusätzlichen hypothetischen H-Atomen (abgewandelter Phosphonat-Inhibitor)
















Zurück zum Seitenanfang

Zurück zum Start